IST atau Inclusive Special Treatment Sekolah Alam Indonesia Cibinong adalah level khusus untuk siswa berkebutuhan khusus. Kami menangani siswa dengan diagnosa kekhususan dengan rekomendasi dari tim ahli. Ini terbentuk atas dasar data evaluasi yang dilakukan oleh sekolah pada beberapa siswa yang dianggap memiliki kebutuhan khusus yang tergabung di dalam kelas reguler dan mereka tidak mampu mencapai targetan pembelajaran kelas. Program yang akan diberikan kepada siswa ini tersusun pada Individual Education Program (IEP) siswa. IEP akan menunjukkan bahwa tingkat perkembangan dan kemampuan mereka yang berbeda dari usianya. Model pembelajaran yang digunakan dengan Project Based Learning yang disesuaikan dengan targetan dari masing-masing siswa.